Didedikasikan untuk St Saviour Pantocrator, gereja ini didirikan oleh Ratu Eirene, istri dari Yohanes II Comnenus, yang menyelesaikan gereja bagian selatan sebelum kematiannya pada tahun 1124. Dia juga orang pertama yang dimakamkan di sini (sarkofagusnya kemudian dipindahkan pada tahun 1960-an ke Museum Arkeologi. Tapi sekarang berada di exonarthex, Ayasofya, Turki).
Seperti dikutip dari Sacred-destinations, Kamis (25/8/2011), gereja bagian utara kemudian ditambahkan oleh Kaisar Yohanes II Comnenus setelah kematian Eirene. Gereja itu didedikasikan untuk Virgin Eleousa. Kaisar juga memiliki gereja-gereja lain yang terhubung melalui sebuah kapel antara bagian utara dan selatan gereja.
Gereja ini kemudian diubah menjadi sebuah masjid setelah jatuhnya Konstantinopel pada abad ke-15. Biara didalamnya pun diubah menjadi sebuah madrasah sebagai tempat belajar agama Islam.
Bangunan tersebut sebenarnya adalah gabungan dari dua gereja dan sebuah kapel sehingga menjadikannya sebagai gereja terbesar kedua di Istanbul setelah Ayasofya.
Di dalamnya terdapat beberapa dekorasi asli marmer, pintu frame gereja, dan marmer apse. Renovasi gedung ini pun masih terus dilakukan.
Di sebelah timur bangunan adalah warisan Ottoman Konak yang kemudian dipulihkan dan dibuka kembali sebagai restoran dan kebun teh, Hane Zeyrek. Tempat ini jauh dari karakter gedung lainnya. Kebun tehnya sendiri dihiasi dengan beberapa hiasan lainnya yang asalnya tidak diketahui.
